新疆农垦科学院是兵团直属的以农为主的综合性科研单位，创始于1950年，前身是新疆军区和二十二兵团建立的农业试验场。1959年，兵团以农试场为基础成立农林牧科学研究所。1969年，农科所在文革中解散，1979年恢复后改称新疆农垦科学研究院，1983年更名为新疆农垦科学院。
       新疆农垦科学院现有机关处室10个，有作物、畜牧兽医、机械装备、棉花（植保）、林园、农田水利与土壤肥料、农产品加工、科技信息、生物技术、分析测试10个研究所（中心）和《新疆农垦科技》、《绿洲农业科学与工程》2个编辑部，院下属1个试验农场和农业新技术推广服务中心、新疆科神农业装备科技开发股份有限公司等22家国有和国有控股科技企业，其中新三板上市企业1家。
       拥有绵羊育种、节水灌溉、农产品质量监测、农业信息化等4个国家挂牌重点领域，是国家优质棉良种繁育基地；拥有棉花、植物营养兵团级学会2个；建有省部共建绵羊遗传改良与健康养殖国家重点实验室、农业部食品质量监督检验测试中心、农业部西北内陆棉区棉花生物学与遗传育种重点实验室、农业部作物高效用水科学观测实验站、新疆棉花全程机械化科研基地、果品干制加工技术集成科研基地（西北）、兵团谷物品质分析实验室、兵团棉花遗传改良与高产栽培、兵团农作物种质资源创新及基因利用等国家及省级科研条件平台16个。
院现有总资产48514万元，其中科研装备价值